Hagle sekvenseringsprotokoll

Hagle sekvenseringsprotokoll

 

Funksjoner

I hagle-sekvensering blir mange kopier av et kromosom treg i små stykker ved hjelp av enzymer som kalles restriksjonsenzymer som gjør kutt i DNA. Disse mindre delene blir deretter klonet eller kopiert i bakterier og sekvensert.

Funksjon

Nøkkelen til hagle sekvensering er at mange av fragmentene inneholder overlappende sekvenser eller segmenter kalt contigs (kort for sammenhengende sekvenser). Når fragmentene er blitt sekvensert, kan dataene settes sammen på en datamaskin for å rekonstruere den opprinnelige sekvensen av hele kromosomet.

Betraktninger

Hele sekvens-hagle-sekvenseringsmetoden er mest hensiktsmessig for mindre genomer av enklere organismer som mangler genomer med mange repeterende sekvenser. Genomene med mange repeterende sekvenser er mer utfordrende, siden datamaskinen kanskje ikke kan tilordne identiske sekvenser til riktig sted. Likevel har haglgevangssekvensering blitt en mye brukt tilnærming for genom-sekvensering. Shotgun-sekvensering er en fremgangsmåte for å sekvensere rekkefølgen av basisparene i et genom. Det var en av de to tilnærmingene som brukes til å sekvensere det menneskelige genomet, den andre er tre-trinns tilnærming ansatt ved det føderalt finansierte Human Genome Project.