Agarosegelelektroforese er en laboratorieteknikk hvor proteiner separeres fra hverandre på grunnlag av størrelse. En prøve av blandede proteiner, ofte segmenter av DNA eller beslektede molekyler, er plassert i den ene enden av et ark av agarosegel. Elektrisitet blir deretter påført gelen, og de negativt ladede nukleinsyrene i proteinene tiltrekkes av den positive ladningen i den andre enden av gelen med mindre proteiner som beveger seg lenger enn større, og danner en serie av bånd av hver proteinstørrelse.

Substrate

Agarosegel er et polysakkarid som danner en gelatinlignende matrise. Gelen gir et substrat på hvilken DNA-separasjon kan forekomme. Større DNA-fragmenter tar lengre tid å migrere gjennom masken i matrisen. Dette fenomenet letter separeringen av molekyler etter størrelse.

Oppløsning

DNA som strekker seg i størrelse fra bare noen få basepar opptil flere millioner basepar, kan separeres ved hjelp av agarosegelelektroforese. Konsentrasjonen av agarose som brukes til å lage gelen bestemmer klarheten i oppløsningen av proteinpartiklene. Mindre DNA-molekyler løses tydeligere når en høyere konsentrasjon av agarosegel brukes når prøven kjøres.

Bufferabsorpsjon

For å påføre en elektrisk ladning til DNA-prøven må agarosegelen være mettet med en saltholdig bufferløsning. To populære bufferløsninger er TAE (Tris-acetat-EDTA) og TBE (Tris-borat-EDTA). Buffere må tilsettes med presis konsentrasjon; En altfor fortynnet buffer vil hemme bevegelse av proteinpartikler og en altfor konsentrert buffer kan bli overopphetet når strøm blir påført og overskytende varme kan smelte gelen eller skade proteiner.

Fargetone i kontrast

Fluorescerende fargestoffer som ethidium bromid kan tilsettes til en prøve for å visualisere de separerte DNA-proteiner når elektroforese er fullført. Dette fargestoff bindes til mellomromene mellom DNA-nukleinsyrene. Agarosegel gir en visuell kontrast til fargestoffene, slik at plasseringen av hvert bånd av protein klart kan skelnes.

Referanse

En referanseprøve av proteiner av kjent størrelse, referert til som en 'stige', er Kjører ofte parallelt med prøven i spørsmålet. Siden alle proteiner av samme størrelse og form beveger seg i samme hastighet i samme konsentrasjon av agarosegel, kan stigenproteinens posisjon i forhold til prøven brukes til å bestemme størrelsen på de aktuelle proteiner.

Protein Capture

Etter at proteinene er separert, holder agarosegelen dem på plass når strømmen er slått av. Hvert bånd av proteiner kan deretter fjernes individuelt fra gelen og behandles for videre testing eller eksperimentering.